Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 180 βαθμούς στον αέρα.
Σε μια μεσαία κατσαρόλα προσθέτουμε το νερό μαζί με 1 κούπα γάλα.
Μόλις πάρει μια βράση, προσθέτουμε τον τραχανά και με μια ξύλινη κουτάλα ανακατεύουμε περιστασιακά για να μην κολλήσει στο κάτω μέρος της κατσαρόλας, μέχρι ο τραχανάς να πιεί όλα τα υγρά.
Σε ένα μεγάλο μπολ ανακατεύουμε την 2η κούπα γάλα με τα αυγά και μόλις ομογενοποιοιηθούν θρυμματίζουμε σε χοντρά και μικρά κομμάτια τη φέτα. Προσθέτουμε τη γραβιέρα, το θυμάρι και διορθώνουμε τη γεύση με αλάτι και πιπέρι.
Προσθέτουμε τον τραχανά μέσα στο μείγμα με τα υγρά και ομογενοποιούμε.
Βουτυρώνουμε και προσθέτουμε γαλέτα σε ένα ταψί φούρνου 30×40 εκ. και στη συνέχεια αδειάζουμε όλο το μείγμα στο ταψί.
Ψήνουμε για 1 ώρα, μέχρι η πίτα να ροδίσει στην επιφάνειά της και να σταθεροποιηθεί στη σύσταση. Ένας τρόπος για να το τεστάρουμε είναι να κουνήσουμε με ένα γάντι μπρος πίσω το ταψί.
Αφαιρούμε από το φούρνο και αφήνουμε να κρυώσει για 20 – 30 λεπτά.