Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 200 βαθμούς στον αέρα.
Προθερμαίνουμε ένα μεγάλο τηγάνι σε μέτρια προς δυνατή φωτιά (5-7). Προσθέτουμε 1 κ.σ. ελαιόλαδο και στη συνέχεια το μπέικον ψιλοκομμένο. Τσιγαρίζουμε για 1 – 2 λεπτά και μόλις δούμε ότι αρχίζει να παίρνει χρώμα προσθέτουμε το σκόρδο, το κρεμμύδι και τις πιπεριές φλωρίνης. Τσιγαρίζουμε για 3 – 5 λεπτά. Αν χρειαστεί προσθέτουμε ακόμα 2 κ.σ. ελαιόλαδο, αναλόγως με τα πόσα λιπαρά έχει απελευθερώσει το μπέικον στο τηγάνι.
Προσθέτουμε την κρέμα γάλακτος και μόλις πάρει μια βράση αποσύρουμε απ’ τη φωτιά κι αφήνουμε τουλάχιστον για 15 λεπτά να κρυώσει.
Σε ένα μεγάλο μπολ ή στην κατσαρόλα που έχουμε βράσει τις ταλιατέλες (για να μην λερώνουμε έξτρα σκεύη) προσθέτουμε τις ταλιατέλες, τα 3 τυριά, το φρέσκο θυμάρι, την κρέμα γάλακτος με τα λαχανικά και το μπέικον (που έχουν κρυώσει), πιπέρι και ανακατεύουμε καλά. Δοκιμάζουμε και σε περίπτωση που τα τυριά δεν είναι τόσο αλμυρά προσθέτουμε αλάτι και στη συνέχεια τα 3 αυγά. Σιγουρευόμαστε ότι οι ταλιατέλες έχουν ανακατευτεί εντελώς με τα υπόλοιπα υλικά.
Βουτυρώνουμε και προσθέτουμε φρυγανιά σε ένα μεγάλο πυρέξ. Αδειάζουμε το μείγμα ζυμαρικών από το μπολ ή την κατσαρόλα και στη συνέχεια πασπαλίζουμε με τη φρυγανιά και το τυρί, που έχουμε ανακατέψει προηγουμένως σε ένα μικρό μπολ.
Ψήνουμε για 20 – 25 λεπτά.
Αφήνουμε να κρυώσει, γαρνίρουμε με σχοινόπρασο και σερβίρουμε.